iRASPA Molecular Visualizer/Editor, un editor y visualizador molecular

En el siguiente artículo vamos a echar un vistazo a iRASPA. Este es un editor y visualizador molecular gratuito para Gnu/Linux, MacOS y Windows que se lanza bajo la licencia de MIT. Admite metales, óxidos metálicos, cerámicas, biomateriales, zeolitas, arcillas, estructuras metalo-orgánicas y más. Contiene más de 8000 estructuras de la bases de datos CoRE Metal-Organic Frameworks. Si trabajas en química u otras áreas que se ocupan de moléculas, este programa te puede resultar útil. En las siguientes líneas vamos a ver cómo podemos instalar el visor molecular iRASPA en Ubuntu a través de Snap.

Se trata de un paquete de visualización, con capacidades de edición, dirigido a la ciencia de los materiales. Además con este programa podremos manejar grandes estructuras (cientos de miles de átomos), incluida la oclusión ambiental, con altas tasas de cuadros. Este software aprovecha las últimas tecnologías de visualización con un buen rendimiento.

Con iRASPA podremos crear y editar estructuras, imágenes y películas. También viene con oclusión ambiental, renderizado de alto rango dinámico, superficies de adsorción, anotación de texto, réplicas de células y supercélulas. Admite cilindros, esferas y prismas poligonales y operaciones de simetría. Los formatos de entrada admitidos son; CIF, mmCIF, PDB, XYZ y VASP POSCAR / CONTCAR / XDATCAR. Los formatos de salida admitidos son; CIF-, 8/16 bits, RGB / CMYK, TIFF sin pérdida para imágenes y mp4 (h264) para vídeos.

Este programa ha sido creado por David Dubbeldam (Universidad de Ámsterdam, Países Bajos), Sofía Calero (Universidad Pablo de Olavide, Sevilla, España) y Thijs Vlugt (Universidad Tecnológica de Delft, Países Bajos). Además han contando con las contribuciones de Randall Q. Snurr (Universidad del Noroeste , Evanston, EE. UU.) y Chung G. Yongchul (Escuela de Ingeniería Química y Biomolecular, Busan, Corea del Sur). La aplicación está escrita en Swift 4.

Características generales de IRASPA

Algunas de las características principales de iRASPA son:

• A través de iCloud, iRASPA tiene acceso a la base de datos CoRE Metal-Organic Frameworks que contiene 4764 estructuras y 2932 estructuras mejoradas con cargas atómicas.
• Todas las estructuras se pueden filtrar (en tiempo real) utilizando parámetros definidos por el usuario.
• La ventana principal es su interfaz principal para ver, editar y administrar todas las partes de los proyectos. Utiliza una interfaz de detalles maestros, donde los cambios en el controlador de vista principal (la vista maestra del proyecto) cambian en otras vistas.
• Creación y edición de estructuras.
• Podremos crear imágenes de alta calidad.
• Oclusión ambiental y renderizado de alto rango dinámico.
• Vamos a poder crear collage de estructuras.
• El programa nos va a permitir la anotación de texto.
• Réplicas celulares y supercélulas.
• Operaciones de simetría como grupo espacial y detección de células primitivas.
• Cálculo de GPU de fracción vacía y áreas de superficie en cuestión de segundos.

Estas son solo algunas de las características de iRASPA. Se pueden consultar todas ellas en detalle en la Wiki web del proyecto.

Instalar iRASPA en Ubuntu

Para instalar el visor molecular iRASPA a través de Snap en nuestro sistema Ubuntu, debemos tener soporte para esta tecnología instalada. Si no dispones de esta tecnología en tu sistema, puedes seguir el tutorial que ofrecen en snapcraft para proceder a la instalación.

Una vez que podamos instalar aplicaciones snap en el sistema, ya podremos instalar iRASPA Molecular Visualizer/Editor a través del administrador de paquetes snap. Para hacerlo tan solo tendremos que abrir una terminal (Ctrl+Alt+T) y ejecutar el siguiente comando:

sudo snap install iraspa

Si en algún momento necesitas actualizar el programa, se puede hacer ejecutando en la terminal:

sudo snap refresh iraspa

Podremos iniciar el programa desde el menú Aplicaciones / Tablero / Actividades o cualquier otro iniciador de aplicaciones instalado en nuestro equipo. También podremos iniciar iRASPA Molecular Visualizer/Editor en Ubuntu utilizando este comando en la terminal (Ctrl+Alt+T):

iraspa

Desinstalar

Para desinstalar el visor molecular iRASPA a través de Snap, tan solo tendremos que abrir una terminal (Ctrl+Alt+T) y después ejecutar el siguiente comando:

sudo snap remove iraspa

Los usuarios vamos a poder obtener más información sobre este programa desde la página web del proyecto.